Palindromische Sequenz

Ein Palindrom ist eine Zeichenkette, die von vorne und von hinten gelesen gleich bleiben muss. Eine sinnvolle Aufeinanderreihung müssen Palindrome zwar nicht zwangsläufig besitzen, allerdings muss die Zeichenkette von vorne nach hinten und von hinten nach vorne eine Übereinstimmung bezüglich der Reihenfolge der verwendeten Zeichen besitzen.

5' - GAATTC - 3'
3' - CTTAAG – 5'

Es existiert einen große Vielzahl von DNA-modifizierenden und -bindenden Proteinen. Eine Vielzahl dieser speziellen Makromoleküle erkennt eine bestimmte kurze, palindromische Sequenz innerhalb eines DNA-Abschnittes. Nach der Erkennung führen sie ihre jeweiligen Aktivitäten symmetrisch an beiden DNA-Strängen aus. In dem oben genannten Beispiel handelt es sich um eine palindromische Erkennungssequenz für eines der bekanntesten Restriktionsenzyme, das EcoRI. Diese Art von Restriktionsenzym erkennt genau diese Sequenz innerhalb eines DNA-Stranges und entfaltet dann dort seine Wirkung. Seine Aufgabe besteht dann darin, die beiden DNA-Stränge zwischen den Basen Adenin und Guanin einzuschneiden. Das kürzeste und gleichzeitig ein sehr wichtiges Sequenzpalindrom ist das CpG-Dinukleotid. Es hat seine Aufgabe in der epigenetischen DNA-Methylierung von CpG-Inseln.