LTR

Die LTRs sind jeweils mehrere hundert Basenpaare lang und bestehen aus sich wiederholenden Nukleotidsequenzen. Die Basenfolge am 5'- und am 3'-Ende ist palindromisch aufgebaut.

Durch die palindromische Struktur der DNA ermöglichen die LTRs den Ringschluss der revers transkribierten viralen DNA und schützen sie damit vor dem hydrolytischen Abbau, bevor es zum Einbau in das Wirtszellgenom kommt. Auch bei der Integration sollen die LTRs unterstützend wirken.
Daneben wird besonders dem am 5'-Ende befindlichen Repeat eine Wirkung als starker Promotor zugeschrieben, der für die bevorzugte Transkription viraler Gene sorgt.