Electrophoretic Mobility Shift Assay

Zunächst werden die Proteine mit DNA- oder RNA-Fragmenten inkubiert, deren Nukleotidsequenz bekannt ist. Hierbei entspricht die Sequenz häufig regulatorischen Regionen (z.B. Promoterregionen). Nach der Inkubationsphase wird das Gemisch mittels Agarose- oder Polyacrylamid-Gelelektrophorese entsprechend der Größe aufgetrennt. Im nächsten Schritt werden die DNA- bzw. RNA-Banden im Gel sichtbar gemacht, z.B. durch Ethidiumbromid-Färbung oder – bei geringen DNA/RNA-Mengen – mittels Markierung (beispielsweise radioaktiv oder mit Digoxigenin).

Bindet das Protein an die DNA oder RNA, ist eine Verschiebung der Bande (engl. band shift) zu beobachten. Diese ist abhängig von der Ladung, der Konformation und der Größe des Komplexes.

Durch Verdünnungsreihen lässt sich die Affinität zwischen dem Protein und der Nukleotidsequenz bestimmen.